La segunda fase del Programa de Derechos Humanos de USAID en Colombia, que se inició el primero de septiembre de 2006, y que cuenta como agente operador a Management Sciences for Development (MSD/Colombia), tiene como objetivo apoyar los esfuerzos de las instituciones del Gobierno y del Estado en la elaboración e implementación de programas y políticas de derechos humanos en las áreas de prevención, protección y respuesta; y fortalecer las organizaciones de la sociedad civil, los cabildos indígenas y las consejos comunitarios para que puedan incidir en las políticas públicas, ejercer un monitoreo independiente a la situación de los derechos humanos y a los programas y planes estatales y gubernamentales en la materia, fomentar la cultura de los derechos humanos, apoyar y orientar a las víctimas del conflicto, apoyar los derechos de verdad, justicia y reparación, y mejorar su capacidad institucional interna para garantizar su sostenibilidad.